耶穌會的萌芽始於會祖聖依納爵．羅耀拉在巴黎大學讀書時的伙伴關係與友誼。

1491年：
耶穌會祖聖依納爵．羅耀拉出生在西班牙北部巴斯克山區，他是一個貴族家庭的么兒，成年後懷著一份成為勇猛武士的夢想與驕傲服役於王室的軍隊。

依納爵30歲的那年，他在一場戰役中右腿受傷，之後回到家鄉開始了一段長期的療養。在那段時間他手邊只有幾本宗教方面的書，這些書籍和長期療養的與世隔絕，孕育了創立耶穌會的種子。依納爵開始祈禱、齋戒、懺悔以及做愛德工作，決心獻身於上主。

1534年：
依納爵跟他的六個伙伴，七人一起在巴黎附近蒙瑪特山的教堂裡，一起承諾在學業結束後繼續他們的伙伴關係。他們願意按福音精神守神貧，並且繼續一個前往耶路撒冷的使命。他們稱自己為『在主內的朋友』。

1540年：
耶穌會被教宗保祿三世正式批准成立，依納爵被選為總會長，並在這個職務上服務，直到1556年，他65歲辭世為止。

依納爵出生的年代，長達八百年的中世紀剛剛結束，歐洲掀起了文藝復興的浪潮，依納爵生於兩個世代交替的交會點上。當
時，歐洲的探險隊已經發現了美洲與非洲，學者重新發現被遺忘幾世紀的希臘羅馬文化。很巧合的，在依納爵受傷的那年，馬丁路德因為宗教改革的思想被開除教籍，往後的二十年，在英國、荷蘭、瑞士及北歐，天主教會失去了相當多的掌控權，也造成教會內許多分歧的思想。社會中興起了前所未有的中產階級，而印刷術的發明恰好滿足了他們對知識的渴望。

中古的騎士時代結束，新的人文主義興起，社會動亂戰爭頻仍，那是一個翻天覆地的時代。

1540年耶穌會被教宗保祿三世正式批准成立，依納爵被選為總會長，並在這個職務上服務，直到1556年，他65歲辭世。